在冬季，因施肥不当，棚菜易出现烧苗、氨气危害和亚硝酸盐中毒现象。因此，合理施肥是冬春大棚增加经济效益的有效措施之一。在施肥时应注意以下几点：
混合肥料作基肥。大棚基肥要提早施入，可以减少因肥料分解而产生有害气体，一般要求在定植前10～15天施入。基肥多种肥料混合施用，如迟效与肥料混合，氮与有机肥料混合，这样可取长补短，使肥效平稳持久。
用饼肥作基肥施必须充分腐熟，用人畜粪尿浸泡15～20天，高温发酵后再施用。基肥分层深施，整地时全层深施入土，或开沟施用，按有机肥、化肥的次序，深施在整好的厢中间，有利于充分发挥肥效，解决前期徒长、后期早衰的矛盾。
干旱条件下不施肥蔬菜是喜水作物，在土壤干旱时施肥，不但肥效不能充分发挥，而且会使土壤溶液浓度骤然升高，容易烧坏菜根。因此，施肥要与灌水相结合，要开沟深施，肥料盖严实后再灌水，或随水追肥。为了避免在干旱条件下施肥，大棚采用滴灌时一并施肥，可延缓土壤板结，节约用水，防止不合理施肥带来的次生盐渍化，同时防止因大水漫灌，增加棚内湿度，诱发病害发生。
选用化肥有讲究。冬季大棚不宜多用磷酸二铵，一般棚菜需要大量的氮和钾，需磷肥比较少，如茄子需要的氮磷钾之比为3∶1∶4，黄瓜为3∶1∶10，番茄为6∶1∶12，因磷酸二铵含磷比例偏高且不含钾，故大棚不宜多施磷酸二铵。
不要施用硫铵。硫铵是生理酸性肥料，施后会增加土壤的酸性，破坏土壤结构，长期施用易造成土壤板结。尽量少用或不用含氯化肥，棚室蔬菜施含氯化肥，会降低蔬菜淀粉和糖的含量，品质变劣，而且氯离子会导致土壤酸化，容易造成土壤缺钙，引起土壤板结。不宜将铁肥施入土中，因为铁很易被固定失去活性，且铁在叶片内不易流动，必要施时应用0.1%～0.3%的硫酸亚铁溶液喷施于叶面上。
施用方法要得当。碳铵是冬季棚菜适宜的性肥料，在地温20℃时极少挥发，进入土壤解离成铵离子被土壤吸附，然后慢慢被作物吸收，即使在5℃的土温条件下也能转化分解被作物利用，追肥时离作物根茎8～10厘米开10厘米深沟，撒施后严密盖土可提高利用率10%～30%。尿素也是棚菜常用的化肥，要求早施、深施或根外追施。
棚温在15～20℃时提前7天，棚温在20～25℃时提前5天施入，追施时开深8～10厘米沟，撒施后严密盖土，对株行距大的作物可采用开穴深施。根据棚温隔5～7天浇水，使其在土壤中有足够时间充分氨化，以利作物吸收利用。在作物生育期间，可用0.3%的尿素溶液喷洒叶面，每7天1次，每亩用溶液100公斤，连续2～3次。
防止施肥过量大。棚追肥要严格按照“少量多次”的原则，防止过量施肥。不同土壤每亩1次施用化肥的限量：尿素每亩不超过0.6公斤；过磷酸钙基施沙壤土40公斤、壤土和黏土50公斤。一旦发现施肥不当，大棚内有害气体含量过高时，要于中午气温较高时打开通风口换气，以降低有害气体浓度，蔬菜的正常生长。