近年来，含腐植酸复合肥、水溶肥因可以改良土壤结构，改善盐碱，增加作物抗逆性，提高肥效利用率等作用，深受农民朋友的喜爱。市场上的腐植酸复合肥、水溶肥主要是以添加矿物源腐植酸或生化腐植酸为主。虽然都含有腐植酸成分，但是究其特点、功能、效果等方面却是截然不同的。
一、颜色、来源不同。矿物源腐植酸广泛存在于风化煤、褐煤、泥炭中，为深棕色或亮黑色的片状、颗粒或粉末状，易溶于水；生化腐植酸呈棕色，是一种生物发酵制取的腐植酸类产品，只有粉末状一种形态。它原料来源广阔，如农作物秸秆、木屑、制糖废渣、酿酒废液、糠醛渣、造纸废液、动物粪便等各种可充分利用的农副产品和可再生的工业原料废弃物。
二、生产过程不同。矿物源腐植酸主要生产过程如下：
生化腐植酸的主要生产过程如下：
三、所含成分不同。矿物源腐植酸主要由脂肪酸、酚酸、苯多羧酸等成分组成，成分相对固定，差异不大。而生化腐植酸成分复杂，不固定，易受发酵时间和原材料的影响，由于原材料与工艺的不同，生化腐植酸的组成成分差别也会比较大。
四、味道不同。矿物源腐植酸没有任何气味，生化腐植酸有明显的发酵（发面）的气味。
五、分子结构不同。矿物源腐植酸苯环较多，生化黄腐酸苯环少，基本是碳链。值得注意的是，苯环较多的腐植酸才能形成大量的官能团，而官能团则能提升作物抗逆性、提高肥料利用率与作物品质。
六、研究时间、深度不同。从研究时间与深度来说，矿物源腐植酸比生化腐植酸的研究要早的多，也深的多。目前国内对矿物源腐植酸的性质和成分研究的比较透彻，对生化腐植酸的关键数据和标准研究都比较模糊。
七、重要的一点是，在农业部标准NY/T1106-2010中，含腐植酸肥料标准明确规定了腐植酸类原料为矿物源腐植酸类，生化腐植酸类物质并未列入其中。
八、功效不同。通过上图表可以发现，矿物源腐植酸的功效要远远大于生化腐植酸，矿物源腐植酸的功效更高，作用更大。
九、各有缺点。矿源腐植酸价格高，与钙镁含量较高（如井水）的水质较易发生凝絮、沉淀现象。生化腐植酸的缺点则更为明显，如易生杂菌、溶于水时易成团，粘结在一起、密封储存条件严格等等。
综上所述，矿物源腐植酸无论是从特点上还是功效上，都要远远优于生化腐植酸，也就是说，含腐植酸肥料添加矿物源腐植酸的效果要明显大于添加生化腐植酸的。