冬季是用肥相对较少的季节，一些地方习惯把粪肥堆在村边地头，任其自然发酵、风吹雨淋、日晒挥发，不但降低肥效，而且污染环境，施入大田后还易引起起病虫害的发生。
人粪尿
的积存人粪尿是一种液体肥料，易于挥发生漏失。如果将零星的人粪尿随意倒入日常积坑中，经尿素酶和微生物作用生成的氨就容易跑掉。正确的积存方法有：一是掺土积存法。在人粪尿中加入黄土，数量为人粪尿的3~5倍，制成土粪堆积存放。二是化学保肥法。一种是给人粪尿中加入少量绿矾，即硫酸亚铁。
加入的绿矾与人粪尿中的碳酸铵反应后，生成性质稳定的硫酸铵，从而保住了氮素，一般每50公斤人粪尿加200~300克绿矾。一种是给人粪尿中加入3%~5%的过磷酸钙，起到保氮补磷的双重作用。三是粪坑加盖法。在坑贮人粪尿的表面上撒上草末、草碳、树叶或黄土，可减少氮素损失，提高肥分。
人粪尿从池中取出后，应拌土保氮，拌土后要覆盖一层土，土能吸附粪中发出的氨，保氨效果和加土多少有关，一般加土以4~5倍为宜，贮入池中的人粪尿应加保氮剂，减少氮的损失，又可防臭。保氮剂有草炭（泥炭），细干土、秸秆碎末等，或加入过磷酸钙，也可加入0.5%~1%的硫酸亚铁，起到保氮防臭作用。
猪粪尿
猪栏内有稻草等垫料，吸收尿液和保蓄氮素，并保持潮湿状态，以减少可溶性养分损失。栏外保存时应采取堆积沤制方法。据农技部门测定，猪粪起出后，露地堆入氮素损失42.2%，用泥封后氮素只损失5.8%；露地堆放40天氮素损失49.6%，有泥封的只损失5%左右，因此，猪粪出栏后都要用泥封严，防止氮素损失。
牛粪尿
这是一种分解腐熟慢、发热量小的农家肥，故应集中收集堆沤，以加快腐熟。堆沤时掺入一定比例的人粪尿，并注意经常翻动，以减少流失，促进腐烂分解。
鸡鸭粪
属易腐熟的热性肥料，如果保肥不当，一般两个月要损失50%左右。所以应选择干燥阴凉的粪棚统一遮掩堆放，与猪粪混合堆积保存。
各种饼肥
其在发酵分解时能产生高温，故贮存时不宜块堆，也不宜碎存，更不可露天存放，以防其自然发热或烧坏走油和发霉。一般应采取单堆或立式摆放在阴凉、通风、干燥的室内。棉籽饼要经过较长时间的发酵才有肥效，故应在冬季浸泡在人畜粪池或桶内贮存。
草木灰
这是农家肥中的主要钾源，含有硫酸钾、碳酸钾，属水溶性钾肥，呈碱性。这种肥不仅不可以随意倒入露天积肥坑中，也不宜和人粪尿、牲畜粪尿以及过磷酸钙、铵态氮肥混合积存。应单独贮存在简易的灰屋或灰棚里，避免风吹、水泡、雨淋，以免造成可溶性钾盐的大量散失，降低肥效。
冬季贮存农家肥，还应抑制病虫害的发生。萝卡蝇（又叫白菜蝇）、小萝卜蝇、种蝇、葱蝇（它们的幼虫是地蛆）、金龟子（幼虫是蛴螬）和蝼蛄等害虫，对于粪肥有趋向性，喜欢聚集在发臭的粪堆上和在粪堆边缘活动产卵。
果园、菜地和大田中的上述虫卵和病菌，有相当一部分是由未完全腐熟的粪肥带入的。若用塑料薄膜把粪堆盖严，粪堆温度高，会把一些害虫卵和病菌杀死，可有效地抑制病虫害的发生。