钙以果胶钙与其他物质一起构成细胞壁，细胞分裂也要有钙的存在，因此缺钙会妨碍细胞的形成，细胞壁受到破坏根尖细胞受到明显破坏。钙对氮的氮的代谢也有一定的作用，根尖实验表明，钙离子对蛋白质和酰胺的合成有促进作用，豆类作物根瘤的形成和固氮作用都要求有较高浓度的钙营养。如钙不足则影响作用的固氮过程，所以在酸性土壤中种植大豆、花生等豆类作物时施用石灰粉会有良好的效果。
钙还是某些酶的水活化剂，钙还有调节植物体内PH值的作用，钙与钾同时存在，对维持细胞生理平衡和原生物质胶体的正常状态有重要作用，钙离子下多种离子有拮抗作用，因此，有钙存在可避免或减少铵、氢、铝、钠离子过多的毒害，此外，钙与真菌病害有一定的关系，据研究，钙含量与真菌病害的感染呈负相关，即钙多病轻，钾多钙少时病重，如番茄青枯病的发生于茎中钙的含量呈负相关。
作物主要吸收钙离子，豆类作物和蔬菜及果树需钙较多，禾谷类作物需钙较少，钙在植物体中移动性小，主要集中在较老的组织中，很少向幼嫩器官运输，因此作物缺钙症状首先在根尖，、顶芽和心叶发生。缺钙的症状是植株矮小，未老先衰，幼叶卷曲而脆弱，也中有坏死组织，根尖和生长细胞组建腐烂死亡，许多作物的果实顶部腐烂，如西瓜、番茄、马铃薯顶部变腐烂。
作物缺钙可施用石灰和其他钙肥改善钙营养，但效果快的是喷0.3-0.5的螯合钙溶液。